Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı koordinesinde yürütülen soruşturma kapsamında, 14 Eylül'de ilk operasyon gerçekleştirildi. Kara Kuvvetleri Komutanlığı'nda albay rütbesinde görevliyken kamu görevinden çıkarılan ve hakkında aranma kaydı bulunan firari şüpheli ile bu kişinin saklanmasına yardım ve yataklık ettikleri tespit edilen 3 şüpheli yakalanarak gözaltına alındı. Operasyonun ardından ele geçirilen dijital materyaller, şüpheli ifadeleri ve elde edilen diğer deliller TEM Şube Müdürlüğü ekiplerince detaylı şekilde incelendi. Yapılan tasnif ve analizler sonucunda örgütün güncel yapılanması, finans faaliyetleri ve yurt dışı bağlantılarına ilişkin yeni bulgulara ulaşıldı. Soruşturmanın derinleştirilmesi üzerine 2 gün sonra 16 Eylül'de MİT ve Ankara Emniyet Müdürlüğü TEM Şubesi'nce Ankara ve Muğla’da ikinci dalga operasyon gerçekleştirildi. Yürütülen çalışmalarda şüphelilerin; örgütün finans faaliyetleri içerisinde aktif rol aldıkları, örgüt üst yönetiminden aldıkları talimatlar doğrultusunda FETÖ mensupları ve ailelerine maddi destek sağladıkları, yurt dışındaki örgüt mensuplarıyla irtibat kurdukları ve Türkiye’den yurt dışına çıkmaya çalışan örgüt mensuplarına iş ve barınma konularınd